Het genootschap werd 23 augustus 1855 op initiatief van de toen nog jonge architect J.H. (Jan) Leliman (1828-1910) opgericht in café ‘De stad Breda’ aan de Warmoesstraat in Amsterdam. Aanleiding was het gegeven dat Jan Leliman in die tijd de architect was van het sociëteitsgebouw van kunstenaarsvereniging Arti et Amicitia aan het Rokin in Amsterdam.
Bij de oprichting waren een twintigtal jonge collega’s van Leliman en ook bouwkundigen, aannemers, opzichters en tekenaars aanwezig. De oprichters van AetA hadden de ambitie om elkaar te stimuleren in het architectenvak in de meest brede zin van het woord. Verbreding was en is onder ander zichtbaar in de aandacht voor beeldende kunst en toegepaste kunst. Het verenigingsleven werd gestimuleerd door lezingen, tentoonstellingen, binnenlandse excursies, het uitgeven van vakbladen en feesten. Een internationale leesportefeuille verspreidde in beeld en tekst de bouwkundige ontwikkelingen in het buitenland. Bij gebrek aan bouwkunstonderwijs vanuit overheidswege ontwikkelde het Genootschap vanaf 1875 een eigen serie bouwkunstcolleges
In 1897 treedt de eerste vrouw Cato Gruntke (1872-1951), beoefenaar van schilderkunst en textiele werkvormen, op voorspraak van Karel de Bazel en Mathieu Lauweriks, toe tot het Genootschap.
De vereniging speelde een belangrijke rol bij de ontwikkeling van de Nederlandse architectuur. Zo heeft de vereniging de fundamenten gelegd voor organisaties als de Academies van Bouwkunst, de Bond van Nederlandse Architecten, de schoonheidscommissies en monumentenzorg.
Toonaangevende leden waren Jan Springer, Pierre Cuypers, Willem Kromhout, Michel de Klerk, Karel de Bazel, Piet Kramer, Hein Berlage, Hendrik Wijdeveld, Jan Duiker, Gerrit Rietveld, Leen van der Vlugt, Mart Stam, Willem Dudok, Jaap Bakema, Aldo Van Eyck, Herman Hertzberger en in de loop van meer dan 170 jaar ruim 3500 anderen.
Het uitgeven van vakbladen vormde een ‘ankerpunt’ en de vereniging initieerde al dan niet met andere verenigingen periodieken en tijdschriften waaronder: Bekroonde Ontwerpen (1881-1883), De Bouwmeester (1884-1889) en De Architect (1890-1915), De Opmerker (1883-1892), Architectura 1893-1917) en (1922-1926). Architectura fuseerde in 1927 met het Bouwkundig Weekblad van de BNA: Bouwkundig weekblad Architectura. De bekendste uitgaven, ook internationaal, van AetA zijn de tijdschriften Wendingen (1918-1931) en het in 1946 gestarte tijdschrift Forum (1946-heden).
In de loop van de 19e eeuw ontwikkelde AetA zich als een initiator van diverse ontwikkelingen, vooralsnog georiënteerd rond Amsterdam. Zo nam AetA het initiatief tot de oprichting van nog steeds functionerende organen in de architectuur- en bouwwereld zoals de oprichting van de eerste Amsterdamse Ambachtsschool in 1862, de oprichting van de Commissie voor de bebouwing van de Museumterreinen in 1898, de oprichting van de Vereniging van de Ambachts- en Nijverheidskunstenaars in 1904, de oprichting van het Voortgezet en Hoger Bouwkunst Onderricht in 1908, en de Bond van Nederlandse Architecten (nu BNA in 1908.
Begin 20ste eeuw is het Genootschap o.a. betrokken bij de ontwikkeling van de Permanente Prijsvraag Commissie, de Erfgoedvereniging Bond Heemschut, de Amsterdamse commissie tot behoud van het Stadsschoon, en het Verbond van Kunstenaarsverenigingen.
Ook ijvert AetA al in 1912 voor de oprichting van een architectuurmuseum met collectievorming van architectenarchieven. Deze adviezen aan de overheid resulteerden pas in 1955 tot de oprichting van het SAM, Stichting Architectuurmuseum, met als eindresultaat het in 1993 in Rotterdam geopende Nederlands Architectuur instituut (NAi) nu HNI.
De leden van het genootschap zijn vertegenwoordigers van de verschillende vernieuwende architectuurstromingen in de 19e en begin 20-ste eeuw: het eclecticisme, de neo-stijlen, de expressieve Amsterdamse School, gevolgd door de latere ingetogener variant en een ‘zachte’ variant van het functionalistische Nieuwe Bouwen. De opkomst van het Nieuwe Bouwen veroorzaakte een richtingenstrijd tussen voor- en tegenstanders binnen AetA.
In 1940 kwamen de leden bijeen voor ‘bezinning op de toekomst’. Deze al snel Doornse Leergangen (1941-1942/1945-1959) genoemde bijeenkomsten van AetA groeiden ondanks de polemieken uit tot hét forum van Nederlandse architecten in bezettingstijd, mede door de deelname van Delftse bouwkunde studenten.
In 1946 werd de doelstelling van AetA in de nieuwe statuten als volgt omschreven: ‘Het genootschap stelt zich ten doel te bevorderen: de bouwkunst, stedebouw en de gebonden kunsten, zijnde uitingen van cultureel en sociaal leven, waarbij de veelzijdigheid van het Nederlands geestesleven fundamenteel wordt aanvaard alsmede de vriendschap der leden en de gemeenschapszin der vakgenooten.
De AetA-leden, waaronder veel toonaangevende architecten, hadden o.a. met de wederopbouwopgave, het volkshuisvestingsvraagstuk en later de stadsvernieuwingsopgaven alsook de beoogde cityvorming van de Amsterdamse Nieuwmarktbuurt (metroaanleg) stof ter discussie.
Begin zeventiger jaren vertrok AetA met 110 deelnemers voor een excursie naar Amerika, en liet zich inspireren door de Amerikaanse visie op de stadsvernieuwingsproblematiek.
Eind jaren zeventig keerde het nieuw aangetreden bestuur terug naar de basis: architectuur. Toen in 1980 architectuurhistorica Dorien Boasson (1946-1992) toetrad tot het bestuur werd een vernieuwing in gang gezet. Praktisch, door tentoonstellingen, bijeenkomsten, prijsvragen en excursies, en bestuurlijk door een wijziging van de statuten in 1982.
Ook verleende het AetA-bestuur de architectuurhistorici Jeroen Schilt en Jouke van der Werf de opdracht om de geschiedenis van het Genootschap Architectura et Amicitia 1855-1990 te onderzoeken en op te tekenen. Het archief van het genootschap is daarna ondergebracht bij het NAi (nu HNI).